ผืนป่าแอมะซอนนอกจากจะเป็นแหล่งความหลากหลายทางชีวภาพแล้ว สิ่งที่นักวิจัยสนใจศึกษาก็คือประชากรโบราณที่เคยอาศัยอยู่ที่นี่ มีอิทธิพลต่อความหลากหลายทางชีวภาพต่อถิ่นแอมะซอนในครั้งอดีตอย่างไรเมื่อหลายพันปีก่อน
เมื่อไม่นานมานี้ นักวิจัยจากสถาบันวิจัยเขตร้อนสมิธโซเนียน ในเขตบัลบัว แห่งปานามา รายงานผลการวิจัยจากการสำรวจป่าฝนแอมะซอน โดยวิเคราะห์ดินในพื้นที่ห่างไกล 3 แห่งในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของเปรู สืบค้นไปที่ชั้นตะกอนแต่ละชั้นเพื่อหาฟอสซิลพืชขนาดเล็กที่เรียกว่าฟิโทลิธ (phytolith) ซึ่งเป็นตัวบ่งบอกว่ามีสัญญาณการเปลี่ยนแปลงของมนุษย์น้อยมากตลอด 5,000 ปีที่ผ่านมา นักวิจัยระบุว่ามีชนเผ่าพื้นเมืองอาศัยอยู่ที่นั่นเป็นเวลานับพันปี ทว่าพวกเขากลับคงรักษาความหลากหลายทางชีวภาพที่อุดมสมบูรณ์อย่างไม่น่าเชื่อ เนื่องจากไม่พบหลักฐานของพืชผลที่มนุษย์ปลูกเพื่อเป็นอาหารรวมถึงทรัพยากรอื่นๆ หรือทำเกษตรด้วยการหักร้างถางป่าไปจนถึงเผาป่า และยังพบว่าดินใกล้แม่น้ำไม่ได้ถูกไฟเผาหรือผ่านการใช้ที่ดินอย่างหนักหน่วงโดยประชากรพื้นเมืองก่อนการมาถึงของชาวยุโรปในอเมริกาใต้ ระบบนิเวศของป่าฝนแอมะซอนยังคงค่อนข้างคงที่เป็นเวลาหลายพันปี
ทั้งนี้ นักวิจัยเผยว่าหลักฐานที่ค้นพบนี้ อาจสามารถช่วยกำหนดรูปแบบการอนุรักษ์ในยุคสมัยใหม่ได้ และคุณค่าความรู้ของชนพื้นเมืองจะช่วยให้เรารักษาความหลากหลายทางชีวภาพในแอมะซอน อย่างการเลือกสายพันธุ์ที่ดีที่สุดสำหรับการปลูกและฟื้นฟู.